Los jardines de la Catedral están formados por especies como el ciprés, ficus, rosal, ave del paraíso, naranjo amargo, mandarino, aligustre, palmera canaria, palmera datilera y washingtonia, entre otras. Especialmente bello es el llamado Patio de los Naranjos, con su entrada entre cadenas.
En él destaca un arbolillo de flores blanquecinas aromáticas y frutos como aceitunas negras, llamado Toxicophlea spectabilis (tóxico). Esta especie procede del Cabo de Buena Esperanza, siendo curioso su uso para envenenar las flechas mediante el conocimiento de la savia.