Après l’accession au trône d’Íñigo Arista, premier monarque de Pampelune (IXe siècle), les dynasties successives consolidèrent le royaume de Pampelune contre la domination musulmane.
Le roi Sanche Garcés II fit don de la ville « à Dieu et à Sainte Marie », c’est-à-dire à l’évêque. Cet acte n’avait rien de symbolique ; dès lors, Pampelune appartint à l’évêché, privant les rois de tout revenu, et la ville ne servit guère plus que de siège de cour ou de résidence royale.
Ce n’est qu’en 1319 que l’Église restitua la seigneurie et les revenus de Pampelune au roi.
Ainsi, au lieu de la Navarrería (la ville originelle avec sa population autochtone et sous l’autorité de l’évêque), les rois choisirent de créer leur propre ville, San Cernin.
Il était interdit aux Navarrais de résider dans le quartier de San Cernin, qui fut peuplé d’étrangers francs, de bourgeois et de marchands.
La population de San Nicolás, plus hétérogène, se développa également.
Ainsi, il n’y avait pas une, mais trois Pampelunes, chacune avec une population distincte par sa langue, ses origines, ses professions et son statut social, des privilèges inégaux, des conseillers différents et des paroisses séparées.
Chacune était entourée de ses propres remparts et douves. Et elles se livraient à des conflits incessants. La paix définitive fut instaurée avec Charles III le Noble.