Les jardins de la cathédrale abritent des espèces telles que le cyprès, le ficus, le rosier, l’oiseau de paradis, l’oranger amer, le mandarinier, le troène, le palmier dattier des Canaries, le palmier dattier et le palmier Washingtonia, entre autres. Le Patio de los Naranjos (Cour des Orangers), avec son entrée enchaînée, est particulièrement beau.
Un élément remarquable du jardin est un petit arbre aux fleurs blanchâtres parfumées et aux fruits noirs ressemblant à des olives, appelé Toxicophlea spectabilis (toxique). Cette espèce est originaire du Cap de Bonne-Espérance, et sa sève était autrefois utilisée pour empoisonner les flèches.